MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN plasmid pL3404

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020957	TCT	2	6	1062	1067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463056
2	NC_020957	TCT	2	6	1079	1084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463056
3	NC_020957	ATC	2	6	1109	1114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463056
4	NC_020957	GA	3	6	1248	1253	50 %	0 %	50 %	0 %	478463056
5	NC_020957	CCA	2	6	1278	1283	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478463056
6	NC_020957	TAA	2	6	1371	1376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463056
7	NC_020957	TCTG	2	8	1385	1392	0 %	50 %	25 %	25 %	478463056
8	NC_020957	GAAA	2	8	1411	1418	75 %	0 %	25 %	0 %	478463056
9	NC_020957	TTG	2	6	1426	1431	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463056
10	NC_020957	CCT	2	6	1481	1486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463056
11	NC_020957	T	8	8	1527	1534	0 %	100 %	0 %	0 %	478463056
12	NC_020957	AGGA	2	8	1544	1551	50 %	0 %	50 %	0 %	478463056
13	NC_020957	A	6	6	1603	1608	100 %	0 %	0 %	0 %	478463056
14	NC_020957	TGC	2	6	1699	1704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463056
15	NC_020957	AAG	2	6	1731	1736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463056
16	NC_020957	T	6	6	1753	1758	0 %	100 %	0 %	0 %	478463056
17	NC_020957	A	6	6	1847	1852	100 %	0 %	0 %	0 %	478463056
18	NC_020957	TGTT	2	8	1877	1884	0 %	75 %	25 %	0 %	478463056
19	NC_020957	ATA	2	6	1904	1909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463056
20	NC_020957	TGC	2	6	2012	2017	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463056
21	NC_020957	GTT	2	6	2189	2194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463057
22	NC_020957	TCA	2	6	2270	2275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463057
23	NC_020957	GCG	2	6	2357	2362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478463057
24	NC_020957	ATG	2	6	2407	2412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463057
25	NC_020957	GAT	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463057
26	NC_020957	GT	3	6	2472	2477	0 %	50 %	50 %	0 %	478463057
27	NC_020957	GAA	2	6	2484	2489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
28	NC_020957	AT	3	6	2647	2652	50 %	50 %	0 %	0 %	478463057
29	NC_020957	A	8	8	2687	2694	100 %	0 %	0 %	0 %	478463057
30	NC_020957	TTCT	2	8	2723	2730	0 %	75 %	0 %	25 %	478463057
31	NC_020957	TGA	2	6	2762	2767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463057
32	NC_020957	AGC	2	6	2807	2812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463057
33	NC_020957	TTG	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463057
34	NC_020957	ATT	2	6	2934	2939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463057
35	NC_020957	TC	3	6	2984	2989	0 %	50 %	0 %	50 %	478463057
36	NC_020957	AGA	2	6	2993	2998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
37	NC_020957	ATT	2	6	2999	3004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463057
38	NC_020957	AGA	2	6	3011	3016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
39	NC_020957	TTAAT	2	10	3076	3085	40 %	60 %	0 %	0 %	478463057
40	NC_020957	AGA	2	6	3113	3118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
41	NC_020957	AT	3	6	3199	3204	50 %	50 %	0 %	0 %	478463057
42	NC_020957	AGGA	2	8	3369	3376	50 %	0 %	50 %	0 %	478463057
43	NC_020957	TCT	2	6	3381	3386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463057
44	NC_020957	A	6	6	3480	3485	100 %	0 %	0 %	0 %	478463057
45	NC_020957	TCA	2	6	3513	3518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463058
46	NC_020957	GAA	2	6	3552	3557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
47	NC_020957	TTTC	2	8	3629	3636	0 %	75 %	0 %	25 %	478463058
48	NC_020957	AGC	2	6	3655	3660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463058
49	NC_020957	GTT	2	6	3710	3715	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463058
50	NC_020957	GGAT	2	8	3749	3756	25 %	25 %	50 %	0 %	478463058
51	NC_020957	AAG	2	6	3849	3854	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
52	NC_020957	TAG	2	6	3945	3950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463058
53	NC_020957	GAA	2	6	4013	4018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
54	NC_020957	ATATAG	2	12	4020	4031	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478463058
55	NC_020957	CAG	2	6	4218	4223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463058
56	NC_020957	ACGTTA	2	12	4284	4295	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478463058
57	NC_020957	AT	3	6	4306	4311	50 %	50 %	0 %	0 %	478463058
58	NC_020957	A	7	7	4349	4355	100 %	0 %	0 %	0 %	478463058
59	NC_020957	TTGG	2	8	4398	4405	0 %	50 %	50 %	0 %	478463058
60	NC_020957	AGA	2	6	4412	4417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
61	NC_020957	TTC	2	6	4438	4443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463058
62	NC_020957	CT	3	6	4448	4453	0 %	50 %	0 %	50 %	478463058
63	NC_020957	A	6	6	4454	4459	100 %	0 %	0 %	0 %	478463058
64	NC_020957	TAAA	2	8	4473	4480	75 %	25 %	0 %	0 %	478463058
65	NC_020957	GAA	2	6	4490	4495	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
66	NC_020957	ATTA	2	8	4544	4551	50 %	50 %	0 %	0 %	478463058
67	NC_020957	ATA	2	6	4666	4671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
68	NC_020957	AAT	2	6	4712	4717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
69	NC_020957	ACA	2	6	4725	4730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463059
70	NC_020957	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
71	NC_020957	TGG	2	6	4880	4885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463059
72	NC_020957	TTG	2	6	4900	4905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463059
73	NC_020957	TTG	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463059
74	NC_020957	AAC	2	6	4974	4979	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463059
75	NC_020957	TAA	2	6	4991	4996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
76	NC_020957	AGG	2	6	5045	5050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463059
77	NC_020957	CAG	2	6	5110	5115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463059
78	NC_020957	ATT	2	6	5118	5123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463059
79	NC_020957	GGC	2	6	5139	5144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478463059
80	NC_020957	GTT	2	6	5145	5150	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463059
81	NC_020957	TCA	2	6	5205	5210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463059
82	NC_020957	ATT	2	6	5244	5249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463059
83	NC_020957	T	6	6	5375	5380	0 %	100 %	0 %	0 %	478463059
84	NC_020957	CAAA	2	8	5394	5401	75 %	0 %	0 %	25 %	478463059
85	NC_020957	TTA	2	6	5509	5514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463060
86	NC_020957	A	6	6	5532	5537	100 %	0 %	0 %	0 %	478463060
87	NC_020957	CAA	2	6	5649	5654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463060
88	NC_020957	ATT	2	6	5672	5677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463060
89	NC_020957	A	6	6	5726	5731	100 %	0 %	0 %	0 %	478463060
90	NC_020957	T	6	6	5827	5832	0 %	100 %	0 %	0 %	478463061
91	NC_020957	GGA	2	6	5844	5849	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463061
92	NC_020957	ACA	2	6	5859	5864	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463061
93	NC_020957	A	6	6	5907	5912	100 %	0 %	0 %	0 %	478463061
94	NC_020957	TCT	2	6	5949	5954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463061
95	NC_020957	ATCA	2	8	6026	6033	50 %	25 %	0 %	25 %	478463061
96	NC_020957	A	7	7	6044	6050	100 %	0 %	0 %	0 %	478463061
97	NC_020957	CAT	2	6	6073	6078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463061
98	NC_020957	AAC	2	6	6126	6131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463061
99	NC_020957	ATA	2	6	6180	6185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463061
100	NC_020957	CCTAG	2	10	6195	6204	20 %	20 %	20 %	40 %	478463061
101	NC_020957	AAG	2	6	6217	6222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
102	NC_020957	TTG	2	6	6226	6231	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463061
103	NC_020957	AATT	2	8	6241	6248	50 %	50 %	0 %	0 %	478463061
104	NC_020957	TTCTA	2	10	6272	6281	20 %	60 %	0 %	20 %	478463061
105	NC_020957	TCGG	2	8	6312	6319	0 %	25 %	50 %	25 %	478463061
106	NC_020957	GAA	3	9	6327	6335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
107	NC_020957	GAT	2	6	6366	6371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463061
108	NC_020957	TA	3	6	6393	6398	50 %	50 %	0 %	0 %	478463061
109	NC_020957	T	6	6	6430	6435	0 %	100 %	0 %	0 %	478463061
110	NC_020957	CAA	2	6	6436	6441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463061
111	NC_020957	TCG	2	6	6446	6451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463061
112	NC_020957	TC	3	6	6459	6464	0 %	50 %	0 %	50 %	478463061
113	NC_020957	TCT	2	6	6473	6478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463061
114	NC_020957	AGA	2	6	6482	6487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
115	NC_020957	AGA	2	6	6524	6529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
116	NC_020957	A	7	7	6616	6622	100 %	0 %	0 %	0 %	478463062
117	NC_020957	T	6	6	6635	6640	0 %	100 %	0 %	0 %	478463062
118	NC_020957	A	8	8	6641	6648	100 %	0 %	0 %	0 %	478463062
119	NC_020957	CTT	2	6	6660	6665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
120	NC_020957	AAG	2	6	6674	6679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
121	NC_020957	CTTC	2	8	6683	6690	0 %	50 %	0 %	50 %	478463062
122	NC_020957	ATT	2	6	6745	6750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463062
123	NC_020957	GAA	2	6	6779	6784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
124	NC_020957	AAG	2	6	6792	6797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
125	NC_020957	CTT	2	6	6857	6862	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
126	NC_020957	A	6	6	6870	6875	100 %	0 %	0 %	0 %	478463062
127	NC_020957	CAA	2	6	6918	6923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463062
128	NC_020957	AGTT	2	8	6942	6949	25 %	50 %	25 %	0 %	478463062
129	NC_020957	TCT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
130	NC_020957	CCAA	2	8	7011	7018	50 %	0 %	0 %	50 %	478463062
131	NC_020957	AT	3	6	7060	7065	50 %	50 %	0 %	0 %	478463062
132	NC_020957	CTTC	2	8	7166	7173	0 %	50 %	0 %	50 %	478463062
133	NC_020957	GATA	2	8	7201	7208	50 %	25 %	25 %	0 %	478463062
134	NC_020957	AGA	2	6	7221	7226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
135	NC_020957	CAT	2	6	7264	7269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463062
136	NC_020957	TCC	2	6	7289	7294	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463062
137	NC_020957	TCT	2	6	7306	7311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
138	NC_020957	ACA	2	6	7312	7317	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463062

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.